Namnet Eneby by kan spåras till mitten av 1300-talet. Byn låg ungefär ½ km öster om nuvarande Eneby Torg. Från mitten av 1700-talet fanns de tre gårdarna: Wästergården, Mellangården och Östergården.
År 1769 förvärvade bryggaren Anders Berg den västra av de tre gårdarna, Wästergården. Han flyttade den ½ km västerut till platsen för den nuvarande Enebybergs Gård och uppförde huvudbyggnaden år 1775. Kommande ägare till Enebyberg köpte senare de andra gårdarna i Eneby by. I början av 1800-talet låg därför all mark i Eneby by under Enebybergs Gård.
Efter några ägarskiften köptes gården 1780 av notarien Thure Liebman, som byggde på en andravåning 1795. Senare ägare genomförde betydande förbättringar av jordbruksdriften med ökande skördar som följd. Arbetet med mangårdsbyggnaden som påbörjats av både Berg och Liebman fullbordades.
1787 tillkom flygelbyggnaderna och några bodar. Samma år anlades sannolikt även allén. År 1809 var Enebybergs Gård färdigbyggd; omfattande ekonomibyggnader fanns runtom och gården drevs som storjordbruk.
Efter en rad ägarskiften under 1800-talet inköptes gården år 1906 av kronolänsmannen, och som det skulle visa sig, entreprenören Ernst Kihlberg. Det blev startpunkten för Enebybergs Villastad, det nuvarande Enebyberg.